按照集裝箱運輸方式一般分為鐵路集裝箱運輸、海運集裝箱運輸和集裝箱公路運輸。鐵路集裝箱運輸，多接40尺柜，不接特種柜運輸，如果是20GP需要配對，2x20GP。集裝箱海運運輸，以海運的方式，通過船舶。集裝箱公路運輸，一般使用集裝箱卡車運輸的方式，可以運輸單個20GP/40GP/HQ/FR/RF/OT等，也可以單輛車運輸2x20GP，通常我們所說的“雙拖”“雙背”。這種運輸需要注意兩個箱子的重量不能相差太大，箱門需要按照相反方向裝車，即一邊門在車尾，另一個門在靠車頭駕駛室位置。
集裝箱海運運輸分為整箱運輸和拼箱運輸
整箱運輸（FULL CONTAINER TRANSPORT, FCL）：
一只集裝箱里只有一個貨主的貨物和一個目的地。當然也有例外，里面有2個以上的，比較少，像這樣的一般是1份MBL對應一份HBL和箱單發票。
拼箱運輸（LESS THAN ONE CONTAINER TRANSPORT,LCL）：
單個集裝箱里有2個及兩個以上貨主托運的貨物，不同的貨物性質和目的地。
